EC-CUBEは国産ECスクリプトだけあって、コントロールパネルも日本人の感覚に使いやすく重宝します。
ただサーバ設定時にSSH接続できればパーミッションはクリアできるのですが、FTPでアップする際には数百のパーミッションを設定しなければならず、あまり現実的ではありません。と言っても、サーバによってはSSHが許可されていないサーバもかなり存在しますので必然的にFTPという選択しかないのですが‥。
と、ありました！FTP（FFFTP）でも手間を極力減らすアップの方法が！
以下のサイトから方法のみ抜粋させていただきます。
http://www.showb.com/sv/eccube.htm
まず以下以外をアップする。（ディレクトリはサーバに合わせて自分で判断してね）
html/user_data
html/upload
data/Smarty
data/class
data/download
次に
*.php・*.tpl・*.css・*.jpg・*.gif・*jsとワイルドカード指定、パーミッションを666に変更。
アップロード時に作成するフォルダの属性を指定する（F）のチェックボックスにチェック属性を777に変更。
アップする。
html/user_data
html/upload
data/Smarty
data/class
data/download
最後に以下のパーミッションを変更。
html/install/temp 777
html/cp 777
data/cache 777
data/logs 777
data/install.php 666
これでFTPでアップするにしても、極めて面倒なパーミッションの設定はかなり軽減できますね。
（共有サーバの場合define.php の該当ディレクトリ変更、dataディレクトリの閲覧権限変更は注意してね。）